促進農(nóng)民工市民化，對于統(tǒng)籌城鄉(xiāng)發(fā)展、推進城鎮(zhèn)化進程具有重要意義。2006年《國務院關于解決農(nóng)民工問題的若干意見》頒布以來，各級政府對農(nóng)民工市民化問題高度重視，相關制度創(chuàng)新明顯加快。但由于城鄉(xiāng)二元結構等因素導致一些制度協(xié)調(diào)性不夠，影響了農(nóng)民工市民化制度創(chuàng)新的成效。
　　農(nóng)民工市民化過程中的制度協(xié)調(diào)性不夠主要表現(xiàn)在兩個方面：一是戶籍制度與附著其上的就業(yè)和社會福利制度的不協(xié)調(diào)。實踐表明，統(tǒng)一城鄉(xiāng)戶籍制度相對容易，但統(tǒng)一城鄉(xiāng)就業(yè)和社會福利制度較難。二是社會保障制度與土地制度、就業(yè)制度的不協(xié)調(diào)。隨著來自土地的收入占農(nóng)村家庭收入比重下降，以及“鐵飯碗”和“大鍋飯”就業(yè)制度的打破，土地制度和就業(yè)制度的社會保障功能呈現(xiàn)下降趨勢，而農(nóng)民工社會保障制度仍不完善，這就造成了農(nóng)民工市民化過程中社會保障不足與土地和就業(yè)保障功能下降的矛盾。
　　造成上述制度不協(xié)調(diào)的原因主要在于：首先，制度創(chuàng)新目標選擇差異。在城鄉(xiāng)二元結構下，不同的制度安排體現(xiàn)了不同的利益關系，對各個主體來說具有很大差異。這些差異的存在使相關制度創(chuàng)新的目標選擇難免產(chǎn)生不協(xié)調(diào)。其次，制度創(chuàng)新進程快慢的差異。這主要是由于制度創(chuàng)新采取了漸進推進的方式；不同制度涉及的利益主體不同，利益關系的復雜程度和矛盾大小不同，因而利益協(xié)調(diào)的難度和博弈結果存在差異。第三，制度創(chuàng)新階段性重點定位的差異。在農(nóng)民工非農(nóng)化階段，制度創(chuàng)新在戶籍制度創(chuàng)新和消除行政門檻方面取得了重要突破。但在農(nóng)民工市民化階段，很多地方的制度創(chuàng)新重點仍然放在戶籍制度方面，而對其他關鍵性制度創(chuàng)新重視不夠。第四，制度創(chuàng)新的地區(qū)差異。各地在經(jīng)濟發(fā)展水平、人口壓力、市民化社會成本的承擔能力等方面差異較大，導致了不同地區(qū)的制度差異。
　　推進制度創(chuàng)新，加快農(nóng)民工市民化進程，需要加強制度協(xié)調(diào)。具體來說，應在以下方面努力。
　　制度創(chuàng)新目標選擇的協(xié)調(diào)。建立利益沖突協(xié)調(diào)機制，包括利益表達機制、協(xié)商機制、獲取機制和補償機制等，縮小不同利益主體的利益差別；進一步發(fā)揮政府作為全局利益代表者、協(xié)調(diào)者的作用，統(tǒng)籌兼顧各方利益；發(fā)展壯大新經(jīng)濟組織、社會組織，增加農(nóng)民和農(nóng)民工的話語權。
　　制度創(chuàng)新進程快慢的協(xié)調(diào)�？s短制度創(chuàng)新的過程，需要政府發(fā)揮組織和引導作用，如加強利益引導，積極推動新的制度創(chuàng)新方案的提出、評估、選擇和實施，并推動各個過程的轉(zhuǎn)換和銜接。
　　制度創(chuàng)新階段性重點定位的協(xié)調(diào)。根據(jù)社會經(jīng)濟發(fā)展狀況、農(nóng)民工市民化所面臨的主要制度障礙、相關制度涉及利益關系的復雜程度等因素，明確不同階段的制度創(chuàng)新重點；處理好重點制度創(chuàng)新與其他制度創(chuàng)新的關系，促進各項制度創(chuàng)新整體設計、協(xié)調(diào)推進、相互配套、相得益彰；根據(jù)社會經(jīng)濟狀況特別是勞動力轉(zhuǎn)移的變化，加強階段性重點制度創(chuàng)新的轉(zhuǎn)換和銜接。
　　地區(qū)差異的協(xié)調(diào)。加強對地區(qū)利益差異的協(xié)調(diào)。通過整體性設計，盡量從制度上協(xié)調(diào)各地的利益訴求，促進利益的基本平衡；加強統(tǒng)一規(guī)劃、指導和監(jiān)督；加快欠發(fā)達地區(qū)經(jīng)濟發(fā)展，縮小地區(qū)發(fā)展差距。