省聯(lián)社在2004年以來的農(nóng)信社改革過程中，充分發(fā)揮了管理、指導(dǎo)、協(xié)調(diào)和服務(wù)的行業(yè)管理職能，發(fā)揮了積極的歷史作用。在管理目標(biāo)多元化（目標(biāo)之間還不完全一致），可用的有效工具不足的情況下，省聯(lián)社管理難免出現(xiàn)“越位、錯位和缺位”的現(xiàn)象。隨著大量農(nóng)信社轉(zhuǎn)制為農(nóng)商行后，省聯(lián)社與農(nóng)商行之間的沖突開始增加，主要集中在以下三個方面：
　　一是中后臺的效率問題。分散的小規(guī)模農(nóng)信社很難實現(xiàn)金融業(yè)務(wù)發(fā)展所需要的規(guī)模效應(yīng)，省聯(lián)社具有集中全省力量提供中后臺服務(wù)的規(guī)模優(yōu)勢。但不同地區(qū)農(nóng)信社業(yè)務(wù)水平差異較大，特別是城郊區(qū)轉(zhuǎn)為農(nóng)商行的機(jī)構(gòu)，其對中后臺（主要是清結(jié)算等IT系統(tǒng)和產(chǎn)品開發(fā)）的效率提出了更高的要求。省聯(lián)社從成本考慮，同時當(dāng)心農(nóng)商行最終脫離省聯(lián)社的管理 （目前并不明確），并沒有動力為效率較高的農(nóng)商行提供高規(guī)格的中后臺服務(wù)。這些農(nóng)商行或者自己開發(fā)中后臺系統(tǒng)，或者積極與其他股份制銀行合作。省聯(lián)社的中后臺服務(wù)能力與部分農(nóng)商行的需求出現(xiàn)了差異，沖突逐步累積。
　　二是人、財、物的管理問題。為了有效控制風(fēng)險，省聯(lián)社往往從人（有些省聯(lián)社只管高管，有些管到一般員工，有些則對任何人員包括臨時工都管）、財（包括對閑置資金的集中使用和超過一定金額的貸款審批）、物（主要是對固定資產(chǎn)的管理）等三個方面對縣級農(nóng)信社（農(nóng)商社）進(jìn)行管理。在這種管理方式下，有利于防止地方政府干預(yù)以及控制風(fēng)險，適合于管理能力較弱的農(nóng)信社，但對于效率較高的農(nóng)商行，特別是股東有較強(qiáng)管理能力的農(nóng)商行，則帶來了一定的沖突。
　　三是農(nóng)商行股東利益和省聯(lián)社利益的沖突。股份制是從單個法人機(jī)構(gòu)出發(fā)，以股東利益為重點，兼顧社會、員工等利益，與農(nóng)信社（農(nóng)商行）的部分政策屬性、省聯(lián)社的主管 （考慮全省行業(yè)的發(fā)展）及監(jiān)管（即包括業(yè)務(wù)上的監(jiān)管，也承擔(dān)著省政府風(fēng)險化解的職責(zé)）目標(biāo)并不完全一致（與行業(yè)服務(wù)和銀行總行的職責(zé)相一致的較多）。省聯(lián)社市場化的管理手段有限，通過服務(wù)實現(xiàn)管理的觀念還沒有形成，有一些省份行政性手段運用得較多，甚至存在過分干預(yù)的現(xiàn)象，加劇了兩者之間的利益分歧。

政府在農(nóng)信社系統(tǒng)中角色轉(zhuǎn)變需要盡快推動農(nóng)信社系統(tǒng)改革

　　政府尤其是省政府在2004年以來的農(nóng)信社系統(tǒng)改革中發(fā)揮了重要作用。一是協(xié)助農(nóng)信社收回不良貸款，尤其是政府融資性不良貸款；二是協(xié)助農(nóng)信社化解歷史包袱，包括通過稅收返還、現(xiàn)金捐贈以及資產(chǎn)置換等方式提供扶持資金，協(xié)助推動農(nóng)信社增資擴(kuò)股，部分省市甚至籌集專項風(fēng)險資金，為農(nóng)信社系統(tǒng)建立風(fēng)險資金；三是省政府管理為農(nóng)信社提供了信用保證，事實上提供了隱性擔(dān)保，提升農(nóng)信社的信用度；四是幫助解決了土地、房產(chǎn)等資產(chǎn)確權(quán)工作等歷史遺留問題；五是部分省市取消歧視性政策，并給予一定的業(yè)務(wù)支持和補(bǔ)助。允許涉農(nóng)部門和單位在農(nóng)信社開立存款賬戶，允許將各類涉農(nóng)資金通過農(nóng)信社管理和發(fā)放，允許財政預(yù)算外資金存入農(nóng)村信用社。
　　但農(nóng)商行（農(nóng)信社）經(jīng)營狀況好轉(zhuǎn)后，政府對發(fā)展好的法人機(jī)構(gòu)開始有訴求了，對其支持地方建設(shè)有一定的要求。此外，地方各種外部檢查頻繁，有更強(qiáng)的干預(yù)動機(jī)。除省聯(lián)社和銀監(jiān)局加大檢查力度外，人行、稅務(wù)、財政、審計、行風(fēng)評議、效能監(jiān)察等，對其日常工作開展有一定的影響。部分地方甚至出現(xiàn)某一年所有的縣級信用社理事長全部由監(jiān)管部門指派的現(xiàn)象。為此，需要盡快推動農(nóng)信社系統(tǒng)的改革，用制度的方式明確政府各級管理部門與農(nóng)信社之間的關(guān)系。

宏觀和監(jiān)管政策給農(nóng)信社改革帶來挑戰(zhàn)

　　農(nóng)信社目前面臨的困境，有相當(dāng)部分是行政性宏觀政策以及宏觀部門政策不協(xié)調(diào)帶來的，是所有金融機(jī)構(gòu)都普遍面臨的問題。如貸款規(guī)模管理給農(nóng)信社的業(yè)務(wù)拓展帶來額外約束。除部分地區(qū) （如內(nèi)蒙古）信用社（含農(nóng)商行）的存貸比較高外，大部分地區(qū)的存貸比普遍較低，但受貸款規(guī)模的嚴(yán)格限制，制約了農(nóng)信社（農(nóng)商行）業(yè)務(wù)的擴(kuò)張。
　　其次，省聯(lián)社市場化的管理手段有限，通過服務(wù)實現(xiàn)管理的觀念還沒有形成，有一些省份行政性手段運用得較多，甚至存在過分干預(yù)的現(xiàn)象，加劇了兩者之間的利益分歧。
　　另外，縣級法人的治理機(jī)制與其運行模式存在差異性。我國地方差異較大，并不是所有縣都具備設(shè)立法人機(jī)構(gòu)，也不是所有經(jīng)營好的農(nóng)信社都應(yīng)轉(zhuǎn)化為農(nóng)商行，放棄農(nóng)信社原有的品牌和管理模式。實際上，相當(dāng)部分農(nóng)商行的內(nèi)部治理機(jī)制的約束力有限，有些甚至只是具備形式。農(nóng)信社選擇改制為農(nóng)商行，除了政府和監(jiān)管部門大力推動外，一方面是為了能獲得跨區(qū)經(jīng)營的便利，另一方面則是希望引入外部股權(quán)，通過溢價的方式解決資本和歷史包袱（經(jīng)營好的農(nóng)信社也有溢價，通過改制來增資擴(kuò)股的意愿并不強(qiáng)烈）。但是設(shè)立農(nóng)商行后，需要按照股份制銀行設(shè)立部門，強(qiáng)調(diào)組織的完整性，管理人員從原來的三四個增加到十幾個，管理成本（工資和協(xié)調(diào)成本）大幅增加。由于農(nóng)信社吸引的大部分外部股東的金融知識和管理能力有限，不能很好發(fā)揮股東的約束作用，但更加強(qiáng)調(diào)盈利和關(guān)聯(lián)貸款要求。在股份制改造過程中，還涉及股東人數(shù)不能超過200人，員工持股比例受到嚴(yán)格限制等。
　　從農(nóng)信社改革方面，不同管理部門對農(nóng)信社（農(nóng)商行）的不同理解，導(dǎo)致不同的政策設(shè)計，影響了農(nóng)信社的改革。如農(nóng)信社與農(nóng)商行在服務(wù)“三農(nóng)”及小微企業(yè)方面，政策并沒有根本改變，都要求“兩個不少于”，這反映了監(jiān)管部門對農(nóng)信社和農(nóng)商行的業(yè)務(wù)定位。但農(nóng)信社轉(zhuǎn)制為農(nóng)商行后，不再享有農(nóng)信社的法定存款準(zhǔn)備金率（一次性提高了4個百分點，顯著增加了農(nóng)商行的綜合成本）和所得稅優(yōu)惠（農(nóng)信社不需要繳納所得稅，農(nóng)商行需要繳納），改制的直接成本是很高的。在全國范圍內(nèi)，雖然高度認(rèn)可農(nóng)信社支農(nóng)的政策性意義，但在具體政策方面，卻不能享有與國有銀行一樣的政策優(yōu)惠。如農(nóng)信社接收、處置抵債資產(chǎn)，農(nóng)信社向資產(chǎn)管理公司出售不良資產(chǎn)，不能享有稅費減免政策。